Para o desenvolvimento de suas atividades o CECLIMAR possui várias instalações.

São elas: 

Prédio Central


Destina-se às atividades administrativas, de pesquisa, de ensino e extensão, e compreende: Secretaria, Almoxarifado, Biblioteca do CECLIMAR, Biblioteca Municipal, Núcleo de Informática, Auditório, Sala de Audiovisual, Gabinetes, Laboratório de Biologia, Laboratório de Geologia, Sala de Triagem, Ambulatório Veterinário, e Setor de Apoio aos Trabalhos de Campo, onde estão abrigados barcos destinados às pesquisas realizadas no Sistema Lagunar do Litoral Norte.

Unidade de Ensino


Prédio auxiliar, ainda em fase de implantação, onde já estão localizados os Laboratório de Química e Física, uma Sala de Professores e uma Sala de Aula. 

Museu de Ciências Naturais 


Expõe coleções de animais taxidermizados, esqueleto de vertebrados marinhos, invertebrados, bem como aquários de água doce marinha. Junto ao Museu há um grande aquário de 200.000 litros de água marinha, destinados a animais de maior porte, como tartarugas e tubarões. 

Minizoológico           


Abriga representantes de répteis, aves e mamíferos da fauna nativa regional, incluindo animais em extinção, como a lontra.


Reabilitação de Fauna Silvestre


Todos os anos, nos meses de inverno, o CECLIMAR acolhe pingüins e lobos marinhos vindos das regiões subantárticas, que são mantidos e tratados em local especialmente construído para este fim. Após o tratamento, alguns animais ficam em exposição ao público até a Primavera, quando são anilhados e, com o auxílio da PETROBRAS, devolvidos ao mar. 


Escola de 2o grau 9 de Maio


Através de convênio com a Prefeitura Municipal de Imbé, foi construída a única escola voltada para o ensino de segundo grau no Município.